A' Cerca de Coimbra

E eis que chega o ano de 1580 e, com ele, novo perigo para a Universidade. O que irá acontecer numa instituição que defendeu a independência nacional, por parte do vencedor, Filipe II de Espanha? Se o mal que não tem remédio, remediado está, e se Filipe fora reconhecido como rei de Portugal, não restava outra saída que não a de lhe prestar obediência e entregar-lhe a protetoria. E foi o que se fez. Entretanto, os professores, partidários de D. António, Prior do Crato, sofreram o castigo do afastamento das suas cátedras.

Filipe, o novo rei, prometeu respeitar os privilégios universitários. Mas, por outro lado, o seu favorecimento para com os jesuítas fez com que, de novo, surgissem divergências entre as duas instituições... nem tudo foi mau neste período... foram realizadas obras vultuosas como sejam a construção de dois gerais e uma biblioteca, isto, numa fase em que os Paços Reais... já haviam sido vendidos a esta por Filipe II, em 1597, por 30 mil cruzados.

É também neste ano de 1597 que vem para Coimbra lecionar o célebre Francisco Suárez, o “Doctor Exímius”, um dos maiores teólogos do tempo e que aqui lecionou durante vinte anos.

Houve, efetivamente, durante o domínio filipino, uma certa decadência; todavia, as próprias instituições universitárias e os seus professores são também responsáveis pelo que acontecia. O nível do professorado decaíra muito também por sua própria culpa.

... A restauração do reino de Portugal, em 1640, foi de regozijo e de festa para a Universidade... por mandado de D. João IV, de alistar e armar “... a gente da Universidade...”. Assim, marcharam os universitários em socorro do Alentejo, em Dezembro de 1644 e, de igual modo, em Outubro de 1645. E não foi apenas apoio militar que a Universidade prestou à causa nacional, mas também uma substancial ajuda financeira (a décima das suas rendas, durante vários anos); a própria opinião e o saber da Universidade foram solicitados, já que o soberano soube requerer o seu auxílio quando necessário e sempre lhe manifestou o seu reconhecimento.

Ribeiro, A. 2004. As Repúblicas de Coimbra. Coimbra, Diário de Coimbra. Pg. 35 e 36